矿山生态修复教育部工程研究中心实行管理委员会领导下的主任负责制，下设办公室、研究开发部、成果推广部、信息与合作部、实验中心和试验基地。研究开发队伍由固定人员和客座流动人员组成，规模为70余人。固定人员由工程研究中心主任在校内外聘任，客座流动人员由项目负责人根据工作需要和研发项目的实际情况聘任。

根据《教育部工程研究中心建设与运行管理办法》规定，工程研究中心成立管理委员会和技术委员会。管理委员会是工程研究中心的决策机构，负责协调落实工程中心条件保障、监督指导工程中心的日常运行、审议工程中心重大事项；技术委员会是工程研究中心的技术咨询机构，负责工程技术中心重大技术问题的审议，由相关技术领域的专家和企业家组成。

工程中心设主任1名、副主任3名，由依托单位选聘，主任报教育部备案；中心设专职秘书1-2名。具体情况如下：
    主任：雷少刚
    副主任：冯启言、侯湖平、张明青
    专职秘书：杨永均

工程中心下设矿山土地整治与生态修复所、矿区水资源保护与水环境修复研究所、矿山开采沉陷与控制研究所和矿区生态监测与感知研究所等4个研究所（即4个研究方向）土地沉陷与生态修复中心实验室和水资源保护与水环境修复中心实验室等2个实验室；徐州矿区塌陷地生态修复基地、潞安土地复垦基地、兖州矿区水资源保护基地、淮南矿区生态修复示范基地、宝日希勒矿区景观生态修复基地和神东矿区生态修复试验基地等示范基地。